Khi cơ quan thuế đến kiểm tra: doanh nghiệp chuẩn bị gì, có quyền gì, ký biên bản thế nào và khiếu nại kết luận ra sao

Công ty thương mại vật liệu xây dựng của anh Lộc ở Nghệ An, doanh thu khoảng 60 tỷ đồng/năm, nhận quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở cho hai năm 2024 và 2025. Đoàn kiểm tra làm việc, và kết quả dự kiến: loại khỏi chi phí 1,4 tỷ đồng vì nhiều khoản mua hàng thanh toán tiền mặt, không cho khấu trừ 210 triệu đồng thuế GTGT đầu vào từ hai nhà cung cấp đã ngừng hoạt động, và truy thu thuế TNCN của 6 lao động thời vụ không có hợp đồng. Cộng tiền chậm nộp tính từ ngày hết hạn nộp của từng kỳ, số phải nộp thêm vượt 700 triệu đồng.

Không có khoản nào trong số đó là "bất ngờ". Mỗi khoản đều là một lỗ hổng mà kế toán biết từ lâu nhưng chưa ai có thời gian vá. Bài này dành cho hai thời điểm: khi bạn còn vài tháng để chuẩn bị, và khi đoàn kiểm tra đã ngồi trong phòng họp.

Kiểm tra và thanh tra thuế khác nhau thế nào

Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, hiệu lực từ 01/7/2026, đặt nguyên tắc quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử, hạn chế làm gián đoạn hoạt động của doanh nghiệp. Hiểu theo nghĩa thực tế: cơ quan thuế đã có sẵn dữ liệu hoá đơn điện tử đầu vào, đầu ra của bạn, dữ liệu BHXH, dữ liệu ngân hàng ở một mức độ nhất định. Việc chọn doanh nghiệp nào để kiểm tra chủ yếu dựa trên phân tích rủi ro từ các dữ liệu đó.

Vì sao doanh nghiệp của bạn bị chọn

Những dấu hiệu thường khiến hồ sơ bị xếp vào nhóm rủi ro cao:

• doanh thu tăng nhưng lợi nhuận luôn thấp hoặc lỗ kéo dài nhiều năm;
• tỷ lệ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cao bất thường so với ngành;
• mua hàng của doanh nghiệp đã bị cơ quan thuế xác định ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ;
• đề nghị hoàn thuế;
• chi phí lương lớn nhưng số lao động đóng BHXH rất ít;
• giao dịch nhiều với bên liên kết, hoặc vay mượn lớn với cá nhân quản lý;
• khai bổ sung nhiều lần, chênh lệch giữa tờ khai và báo cáo tài chính.

Không phải mọi dấu hiệu đều là sai phạm. Nhưng nếu doanh nghiệp bạn có hai, ba dấu hiệu trên, hãy coi việc bị kiểm tra là chuyện sẽ đến và chuẩn bị từ bây giờ.

Chuẩn bị trước: tự kiểm tra như đoàn kiểm tra sẽ làm

Đây là danh sách mà đoàn kiểm tra hầu như luôn đi qua. Làm trước ở nhà rẻ hơn rất nhiều so với giải trình tại chỗ.

1. Đối chiếu doanh thu: tổng hoá đơn đầu ra trên hệ thống hoá đơn điện tử khớp với tờ khai GTGT và báo cáo tài chính từng kỳ.
2. Rà hoá đơn đầu vào: tra trạng thái của từng nhà cung cấp lớn; nhà cung cấp đã ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ thì chuẩn bị chứng cứ giao dịch thật (hợp đồng, phiếu nhập kho, chứng từ vận chuyển, chuyển khoản).
3. Rà chứng từ thanh toán: từ 01/7/2025, khấu trừ thuế GTGT đầu vào cần chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hàng hoá, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên (Luật Thuế GTGT 48/2024); với thuế TNDN, khoản chi từ 5 triệu đồng trở lên cũng phải có chứng từ không dùng tiền mặt mới được tính vào chi phí được trừ (Nghị định 320/2025, áp từ 15/12/2025). Kỳ kiểm tra rơi vào năm 2024 hoặc nửa đầu 2025 thì đoàn áp ngưỡng cũ 20 triệu đồng — đừng tự loại nhầm những khoản 5–20 triệu trả tiền mặt ở các kỳ đó.
4. Lương và thuế TNCN: mỗi người nhận lương phải có hợp đồng hoặc chứng từ hợp lệ; lao động thời vụ có khấu trừ thuế theo đúng ngưỡng; bảng lương có chữ ký hoặc chứng từ chuyển khoản.
5. Tồn kho: số liệu sổ sách khớp kiểm kê; hàng hao hụt, hư hỏng có biên bản và định mức.
6. Chi phí "nhạy cảm": tiếp khách, quà biếu, chi cho cá nhân không phải nhân viên, chi phí xe của giám đốc, khấu hao tài sản không phục vụ kinh doanh.
7. Giao dịch liên kết, vay mượn: nếu có, rà nghĩa vụ kê khai và hồ sơ theo Nghị định 255/2026.

Phát hiện sai sót trước khi có quyết định kiểm tra thì doanh nghiệp có thể khai bổ sung và nộp tiền chậm nộp — thường nhẹ hơn nhiều so với để đoàn kiểm tra phát hiện và xử phạt.

Trong buổi làm việc: quyền của doanh nghiệp

Khi nhận quyết định kiểm tra, việc đầu tiên là đọc kỹ: phạm vi (kỳ nào, sắc thuế nào), thời hạn kiểm tra, thành phần đoàn. Đoàn kiểm tra chỉ làm việc trong phạm vi quyết định.

Doanh nghiệp có quyền:

• được biết căn cứ, phạm vi, thời hạn kiểm tra;
• từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan tới nội dung kiểm tra, hoặc thuộc bí mật nhà nước (trừ trường hợp luật quy định khác);
• giải trình, cung cấp thêm tài liệu để chứng minh;
• nhận biên bản, ghi ý kiến vào biên bản, bảo lưu ý kiến không đồng ý;
• khiếu nại quyết định, hành vi của cơ quan thuế, công chức thuế;
• được bồi thường thiệt hại nếu cơ quan thuế gây ra theo quy định.

Và có nghĩa vụ: chấp hành quyết định, cung cấp đầy đủ, đúng hạn hồ sơ được yêu cầu trong phạm vi kiểm tra, ký biên bản.

Cách làm việc với đoàn cho hiệu quả

• Một đầu mối duy nhất trả lời đoàn, thường là kế toán trưởng; giám đốc có mặt ở buổi công bố và buổi thông qua biên bản.
• Mọi tài liệu cung cấp đều có biên bản giao nhận hoặc danh mục ký nhận — để sau này không có tranh cãi "đã đưa hay chưa".
• Không trả lời miệng những câu chưa chắc. Xin thời gian kiểm tra lại và trả lời bằng văn bản.
• Ghi lại mọi yêu cầu bổ sung kèm hạn, cho vào danh sách việc phải làm.

Biên bản kiểm tra: đừng ký cho xong

Biên bản kiểm tra là tài liệu quyết định số thuế bị truy thu. Nguyên tắc:

1. Đọc từng khoản điều chỉnh, đối chiếu với chứng từ của mình.
2. Đồng ý khoản nào thì ký; không đồng ý khoản nào thì ghi rõ ý kiến ngay trong biên bản: không đồng ý điểm nào, vì sao, sẽ bổ sung tài liệu gì. Ý kiến ghi trong biên bản là căn cứ cho bước khiếu nại sau này.
3. Không bỏ trống phần ý kiến của doanh nghiệp khi còn bất đồng.
4. Lấy bản biên bản đã ký đủ.

Trong vụ của anh Lộc, khoản 210 triệu thuế GTGT đầu vào từ hai nhà cung cấp ngừng hoạt động là khoản có thể tranh luận: nếu công ty chứng minh được giao dịch có thật, hàng đã nhập kho và đã bán ra, đã chuyển khoản đúng tài khoản của nhà cung cấp, và hoá đơn được lập trước thời điểm nhà cung cấp bị xác định ngừng hoạt động, thì có cơ sở để giải trình. Khoản chi tiền mặt 1,4 tỷ thì khó hơn nhiều — luật đã đặt điều kiện chứng từ rõ ràng.

Sau kiểm tra: kết luận, quyết định xử lý và khiếu nại

Sau buổi làm việc, cơ quan thuế ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế (truy thu, phạt, tiền chậm nộp). Doanh nghiệp không đồng ý thì có hai con đường:

• Khiếu nại lên chính cơ quan đã ra quyết định (lần đầu), thời hiệu 90 ngày kể từ ngày nhận hoặc biết quyết định theo Luật Khiếu nại; không đồng ý kết quả thì khiếu nại lần hai hoặc khởi kiện.
• Khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án, thời hiệu 1 năm.

Khiếu nại không làm dừng nghĩa vụ nộp tiền theo quyết định trong mọi trường hợp. Số tiền chậm nộp tiếp tục tính 0,03% mỗi ngày trên số thuế chưa nộp. Nhiều doanh nghiệp chọn nộp phần không tranh chấp ngay để chặn tiền chậm nộp, và chỉ khiếu nại phần có cơ sở.

Bạn có thể tính mốc 90 ngày và 1 năm cho quyết định của mình bằng công cụ tính thời hiệu.

Sai lầm hay gặp

• Cung cấp toàn bộ dữ liệu kế toán nhiều năm khi quyết định chỉ kiểm tra hai năm — mở rộng phạm vi rủi ro một cách không cần thiết.
• Hứa "sẽ bổ sung" rồi để quá hạn. Đoàn kết luận theo tài liệu đang có.
• Ký biên bản không ghi ý kiến rồi sau đó mới khiếu nại — vẫn được, nhưng yếu thế hơn nhiều.
• Đưa quà, "bồi dưỡng". Ngoài rủi ro hình sự, nó không xoá được dữ liệu đã có trên hệ thống.
• Kế toán dịch vụ không có mặt, trong khi chỉ họ hiểu cách hạch toán các năm trước.

Danh sách việc cần làm khi nhận quyết định kiểm tra

1. Đọc phạm vi, thời hạn, thành phần đoàn; lưu bản quyết định.
2. Giao một đầu mối, lập danh mục tài liệu sẽ được hỏi.
3. Rà nhanh bảy nhóm rủi ro ở phần chuẩn bị, tập hợp chứng cứ cho từng khoản đáng ngờ.
4. Họp nội bộ thống nhất cách giải trình.
5. Mọi tài liệu giao có danh mục ký nhận.
6. Đọc kỹ biên bản, ghi ý kiến cho từng khoản không đồng ý.
7. Theo dõi mốc khiếu nại 90 ngày, mốc nộp tiền.

Trên AI Cố Vấn, tạo một hồ sơ "Kiểm tra thuế 2024–2025", tải quyết định, biên bản, danh mục tài liệu đã giao; tạo mốc hết thời hạn kiểm tra và mốc 90 ngày khiếu nại. Khi cần, chuyển nguyên hồ sơ cho luật sư Nhà Cố Vấn xem mà không phải kể lại từ đầu.

Khi nào nên hỏi luật sư hoặc chuyên gia thuế

• Số truy thu dự kiến lớn so với lợi nhuận năm, hoặc có dấu hiệu bị đánh giá là trốn thuế, sử dụng hoá đơn bất hợp pháp.
• Bị chuyển từ kiểm tra sang thanh tra, hoặc có thông tin hồ sơ được chuyển cơ quan điều tra.
• Không đồng ý kết luận và cần chọn giữa khiếu nại và khởi kiện.
• Doanh nghiệp có giao dịch liên kết, vay mượn với cá nhân quản lý.